尼奥（基努·里维斯饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗文加，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，机器乌贼对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。